Rayón fue fundado en el año de 1638, por los misioneros jesuitas Pedro Pantoja,  Bartolomé Castaños y Lorenzo Cárdenas dándole el nombre de Nuestra Señora del Rosario de Nacameri. Era habitado por los Pimas Bajos. En 1825 se le cambió su nombre por el de Rayón en honor al General Ignacio López Rayón. En 1850 se le concedió la categoría de Villa y a mediados del siglo XIX fue declarado Municipio. En 1678  se inicia la construcción de la iglesia, la cual existe hasta nuestros días.

    El Municipio de Rayón se localiza en la parte central del Estado de Sonora a 110 Kms. de Hermosillo, capital de la entidad.

    Limita al norte con los municipios de Opodepe y San Felipe de Jesús, al sur con San Miguel de Horcasitas y Ures, al este con Aconchi, Baviácora y Ures y al oeste con los Municipios de Carbó y San Miguel de Horcasitas.